クロスフェーダーアサインの設定が適切ではない可能性があります。

例として一般的なご使用方法の場合は、クロスフェーダーの左側に[1]チャンネル、右側に[2]チャンネルが設定されている必要があります。それ以外の設定となっている場合は適切に動作しない状態となります。
※どのチャンネルの音声をクロスフェーダーのどちらに割り当てるかの設定をクロスフェーダーアサインといいます。クロスフェーダーを使用したくない場合は、この設定を操作することで無効にすることもできます。

詳細はrekordbox操作説明書の[ミキサーパネル]の項目をご参照ください。
rekordbox操作説明書は[rekordbox.com]よりご入手いただけます。